Die niedersächsische Landesregierung wies 1986 den Nationalpark "Niedersächsisches Wattenmeer" aus und folgte damit dem Beispiel Schleswig-Holsteins, das bereits ein Jahr zuvor weite Teile seines Wattenmeeres zum Nationalpark erklärt hatte. Der Nationalpark "Niedersächsisches Wattenmeer" erstreckt sich von Emden bis Cuxhaven und umfaßt rund 240.000 Hektar (die Gesamtfläche des Wattenmeeres wird auf etwa 800.000 Hektar geschätzt: davon entfallen 60 Prozent auf die Bundesrepublik Deutschland, wovon wiederum etwa die Hälfte zum niedersächsischen Bereich gehört). Zum Nationalpark zählt das eigentliche Watt mit seinen Rinnensystemen, die Salzwiesen sowie die der Küste vorgelagerten Düneninseln - darunter fallen alle ostfriesischen Urlaubsinseln.
Das Schutzkonzept des Nationalparks umfaßt drei Zonen, in denen bestimmte Nutzungen unter Berücksichtigung der Naturschutzbelange erlaubt sind. Den strengsten Schutz genießt die Schutzzone I (Ruhezone), die 54 Prozent des gesamten Nationalparks ausmacht. Hierzu gehören Salzwiesen und empfindliche Dünenbereiche, Seehundsbänke und alle Brut-, Rast- und Mausergebiete der Vögel. Sie darf mit Ausnahme der dafür eigens ausgewiesenen Wege nicht betreten werden. In der Schutzzone II (Zwischenzone), die 45 Prozent der Fläche ausmacht, ist das Betreten mit wenigen Einschränkungen freigegeben, nicht erlaubt jedoch sind Handlungen, die das Landschaftsbild oder den Charakter des Wattenraumes verändern. Die Schutzzone III (Erholungszone) nimmt nur ein Prozent der Nationalparkfläche ein: Sie ist dem Bade- und Kurbetrieb vorbehalten.
Ein Nationalpark darf keinesfalls mit einem "Naturpark" verwechselt werden: Während ein Nationalpark laut niedersächsischem Naturschutzgesetz ausschließlich der Bewahrung und dem Schutz der besonderen Eigenart von Natur und Landschaft dient, stellen Naturparke großräumige und landschaftlich reizvolle Gebiete dar, die sich in besonderer Weise für die die Erholung und den Fremdenverkehr eignen, Beispiel Lüneburger Heide.
Zentrale Informationseinrichtungen des Nationalparks sind die Nationalparkhäuser: Hier werden interessierte Urlauber/innen mit Hilfe von Ausstellungen, Vorträgen, Diskussionsveranstaltungen und Exkursionen rund um das Thema Nationalpark Wattenmeer informiert. Lehrgänge und Seminare für besondere Zielgruppen, z.B. Schulklassen, ergänzen das umweltpädagogische Programm der Nationalparkhäuser.
Der BUND betreibt in Kooperation mit den betreffenden Gemeinden vier der insgesamt elf Nationalparkhäuser: Dornumersiel, Dorum-Neufeld, Juist und Norderney.
